Le 22 avril 1977, le conseil municipal de Villemanoche prenait la décision de créer un lotissement près du cimetière, mais avant de débuter les travaux, des recherches archéologiques effectuées par Yves Prampart, permirent d’importantes découvertes. « Depuis 6000 ans, expliquait alors Yves Prampart, cette vallée de l’Yonne a été habitée en permanence. Les cabanes danubiennes ont remplacé les huttes de Pincevent, et c’est ainsi que l’homme nomade devenu sédentaire s’est fixé sur le territoire de Villemanoche. » 

De ces premiers habitants sédentarisés, on ne connaît que les sépultures mises à jour entre Villemanoche et Pont-sur-Yonne. On a découvert un habitat, datant de la fin de l’âge de Bronze, à Malvoisine, et des enclos funéraires au Champ de l’Eau, et à proximité du vieux cimetière de Villemanoche. C’est là, il y a environ 2000 ans, que les premiers lépreux de la léproserie pontoise ont été inhumés. 

Yves Prampart signalait que des grandes fermes gauloises, une villa romaine et un village gallo-romain se trouvaient sur la commune de Villemanoche. D’autres sites ont été découverts, notamment à Champigny, comportant des nécropoles mérovingiennes.                                      

Les archéologues mirent à jour 142 sépultures ainsi que des urnes mérovingiennes. Mais en longeant le mur du cimetière côté Est, l’équipe composée de jeunes volontaires constata que la nécropole était plus étendue que l’on ne pensait. Elle découvrit des enclos du Bronze final, ainsi qu’un village médiéval avec des trous de silo (présence de grains de blé…) et des trous de poteaux autour d’un gigantesque cercle entouré d’un fossé. Mais aucune découverte de villa romaine que les archéologues recherchaient.

Les objets provenant de ces fouilles sont exposés, en grande partie, au musée de Sens.